راهنمای آزمایشات بخش مولکولی گروه 2

    • نام آزمایش: VZV PCR
     
    • سایر نام ها:
        • Varicella-Zoster Virus PCR
        • VZV Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR)
        • Herpes Zoster PCR (Polymerase Chain Reaction)
        • Varicella-Zoster Virus Detection by Real-Time PCR
     
    • تشریح آزمایش
    • ویروس واریسلا – زوستر (VZV)، یک ویروس DNA دار می باشد که جزء خانواده هرپس ویروسها بوده و می تواند مهره داران را آلوده کند. این ویروس عامل دو بیماری آبله مرغان و زونا است که عموماً آبله مرغان در کودکان و زونا در بزرگسالان دیده می شود. عفونت ویروسی از راه قطره های ریز در هوا یا تماس با ضایعات پوستی منتقل می شود.
    • بیماری آبله مرغان (واریسلا) در اثر عفونت اولیه  با ویروس ایجاد می شود که معمولاً خفیف و بسیار مسری است و به طور عمده در کودکان مشاهده می شود. با بهبود علائم بیماری، ویروس در عقده عصبی پشتی پنهان شده و به صورت غیر فعال در می آید و ممکن است در سنین بالای 50 سال و نیز افرادی با ضعف سیستم ایمنی، ویروس دوباره فعال شده و منجر به ایجاد بیماری هرپس زوستر، معروف به زونا (Shingles) شود.
    • اگر زن بارداری در نیمه اول دوران بارداری به آبله مرغان مبتلا شود، جنین او نیز دچار عفونت می گردد و اگر ابتلا به عفونت آبله مرغان در روزهای آخر بارداری باشد، به علت این که فرصت کافی جهت عبور آنتی بادی مادر از جفت و ایجاد ایمنی غیر فعال در نوزاد وجود ندارد و از طرفی پاسخ ایمنی نوزاد هم به اندازه ای نیست که بتواند سبب پیشگیری از رشد و انتشار ویروس واریسلا زوستر منتقل شده از راه جفت شود، لذا عفونت در نوزاد معمولاً برق آسا خواهد بود و حتی سبب مرگ یک سوم نوزادان می شود. آبله مرغان در موارد نادر ممکن است منجر به ایجاد پنومونی (ذات الریه)، آنسفالیت (تورم مغز)، کاهش قدرت بینایی، آرتریت (ورم مفاصل) و سندروم reye شود.
     
    • کاربردهای بالینی:
    • ردیابی سریع DNAی ویروس واریسلا زوستر در نمونه های بالینی، که برای تشخیص به موقع بیماری و انجام اقدامات درمانی مناسب ضروری است.
     
    • مقادیر طبیعی: DNA ی ویروس را نمی توان در نمونه های حاصل از افراد سالم ردیابی نمود حتی اگر این افراد قبلاً در معرض عفونت قرار گرفته باشند.
    • مقادیر مرجع: میزان DNAی ویروس در نمونه مورد آزمایش باید به اندازه ای باشد که پس از تکثیر توسط واکنش PCR قابل ردیابی باشد.
     
    • تفسیر:
    • VZV یک ویروس هرپس انسانی است که عفونت اولیه توسط آن آبله مرغان (واریسلا) نام دارد و یک بیماری مسری است. ویروس پس از بهبود علائم، در عقده عصبی پشتی پنهان گشته و به صورت غیر فعال در می آید ولی در صورت فعال شدن مجدد ویروس مخفی شده، بیماری زونا ایجاد می شود. ابتلای مادر باردار به عفونت های ویروسی و از جمله ویروس واریسلا، بر حسب زمان و سن جنین می تواند عوارض پیچیده و برگشت ناپذیری بر سلامتی جنین داشته باشد. لذا تشخیص سریع عفونت مادر و جنین کمک بزرگی به پیشگیری از عوارض می نماید.
    • PCR مثبت با ضریب اطمینان بالایی عفونت VZV مادرزادی را تأیید می کند ولی مستقیماً قادر به پیش گویی وجود سندروم آبله مرغان مادرزادی در بعد از تولد نیست لذا می بایست از طریق US و یا MRI اعضایی از جنین مانند دست ها و پاها و ساختمان مغز و چشم ها به دقت بررسی گردند. PCR منفی مایع آمنیوتیک به شکل مطلوبی قادر به رد بیماری است.
    • پیشنهاد کلی این است که در تمام موارد عفونت آبله مرغان در مادر، اگر جنین در بررسی های اولیه نرمال است، در هفته های 8 تا 10 بعد از عفونت، مادر مجدداً بررسی گردد.
     
    • توضیحات
      • نتیجه «Undetected» نشان می دهد که DNAی ویروس در نمونه یافت نشده است.
      • تشخیص عفونت با حضور مقادیر قابل تشخیص DNA ی ویروس در نمونه مورد آزمایش امکان پذیر است.
      • در صورت عدم ردیابی DNA ی ویروس در نمونه بیمار، احتمال آلودگی به عفونت رد نمی گردد.
     
    • نوع نمونه
    • بر اساس منبع آلودگی باید نوع نمونه مورد استفاده تعیین شود، که شامل موارد زیر است: سرم یا پلاسما، ادرار، مایعات بدن نظیر نخاعی (CSF)، آمنیوتیک و چشمی، نمونه تناسلی نظیر نمونه تهیه شده از سرویکس، واژن و یا سایر بخش های تناسلی، نمونه های تنفسی نظیر ترشحات بر
     
    • شرایط نمونه گیری
      • نیاز به ناشتایی نمی باشد.
      • نمونه گیری باید در شرایط استریل انجام شود.
    •  نام آزمایش: Toxoplasma PCR
    • نام کامل آزمایش: Toxoplasma gondii Antibody, IgG
    • نام فارسی آزمایش:  آنتی بادی IgG علیه انگل توکسوپلاسما گوندینوع نمونه
    • روش انجام: EIA, IIFA
    • نوع نمونه: S, PE, PH, BF, CSF
    • حجم نمونه: ml4
     
    • علت درخواست:
      • تشخیص توکسوپلاسموز حاد در بیماران دچار سرکوب ایمنی، زنان باردار و نوزادان.
      • تشخیص ایمنی حاصل از عفونت قبلی (مانند عفونت جنینی)
     
    • توضیحات
    • توکسوپلاسموزیس عبارت است از یک بیماری انگلی با توکسوپلاسما گوندی که در انسان‌ها و بسیاری از گونه‌های پستانداران و پرندگان ایجاد می‌شود. در طول چند هفته اول پس از قرار گرفتن در معرض بیماری، عفونت به طور معمول باعث ایجاد یک بیماری خفیف مانند آنفلوآنزا می‌شود. انگل به ندرت باعث هر گونه نشانه در افراد بزرگسال و سالم می‌شود.با این حال افراد مبتلا به ضعف سیستم ایمنی بدن، مانند بیماران مبتلا به ایدز و یا زنان باردار، ممکن است به طور جدی بیمار شوند و گاهی اوقات می‌تواند کشنده باشد. این انگل می‌تواند باعث آنسفالیت (التهاب مغز) و بیماری‌های عصبی شود و می‌تواند قلب، کبد، گوش داخلی و چشم را تحت تأثیر قرار دهد.تحقیقات اخیر توکسوپلاسموز را با خودکشی، اختلال نقص توجه بیش فعالی، اختلال وسواسی جبری، و اسکیزوفرنی مرتبط دانسته است.در دو گروه از افراد جامعه احتمال بیماری وجود دارد:الف) افرادی که مبتلا به بیماری های تضعیف کننده سیستم ایمنی هستند. در این گروه معمولا افرادی قرار دارند که مبتلا به ویروس HIV هستند. در این افراد به دلیل رشد زیاد انگل در بدن و عدم توانایی سیستم ایمنی در متوقف ساختن آن، علائم بالینی ظاهر می شود که میتوان به علائم عصبی شدید، تشنج، فلجی، کما و مرگ حتی با وجود اقدام به درمان، اشاره کرد.ب) مادرانی که در طول بارداری برای اولین بار توسط توکسوپلاسما گوندیای آلوده می شوند میتوانند عفونت را به جنین منتقل کنند. اکثریت نوزادان در حین تولد نشانه های بالینی را نشان نمی دهند و به مرور زمان این علائم شکل میگیرد. کودکانی که به صورت مادرزادی به این انگل آلوده شده اند دارای علائمی از جمله نابینایی، ناتوانی های ذهنی، ناشنوایی و در موارد شدید مرگ می باشند.خانم ها می توانند قبل از بارداری از تست های سرولوژیک موجود برای ردیابی توکسوپلاسما استفاده نمایند. احتمال انتقال انگل به جنین و بیماری نوزاد در خانم هایی که قبل از بارداری با این انگل آلوده شده اند و دارای آنتی بادی در مقابل آن هستند وجود ندارد.روش دقیق تشخیص آزمایش خون و بافت به روش مولکولی Real Time PCR است. در صورتی که به ابتلای جنین شک داشته باشند با روش آمنیوسنتز مایع دور جنین را مورد آزمایش مولکولی قرار می‌دهند.
     
    • تست های تکمیلی: TORCH; CSF Analysis; Amniotic Fluid Analysis
     
    • تداخلات آزمایشگاهی:
      • ۱- پاسخ‏های سرولوژیک در حضور نقص ایمنی فاقد اطمینان هستند. PCR مثبت نشانه وجود DNA ویروس است ولی PCR منفی وجود بیماری فعال را رد نمی‏کند.
      • ۲- فاکتور روماتوئیدی یا آنتی بادی های ضد هسته ای (ANA) موجب نتایج مثبت کاذب می گردند.
      • ۳- سایر عفونتهای فعال مادرزادی می توانند موجب نتایج مثبت کاذب گردند.
      • ۴- نمونه های شدیداً همولیز و لیپمیک در نتایج آزمایش ایجاد تداخل می کنند؛ همچنین وجود فیلامان های فیبرین می تواند در آزمایش ایجاد تداخل کند.
      • ۵- در بیماران مبتلا به ایدز میزان آنتی بادیهای اختصاصی IgG کم یا متوسط و میزان IgM منفی می باشد.
    • نام اختصاری آزمایش: Rub.PCR
    • نام روش اندازه گیری:  PCR
    • نام های مشابه:  Enterovirus PCR
    • نوع نمونه:  پلاسما EDTA ، مايعات بدن، خون بند ناف  EDTA، بزاق، مايع آمنيوتيک ، سواب دهان، CBC EDTA
    • حجم نمونه : ml٢
    • کمترین حجم نمونه: ml١
    • تفسیر بالینی: يکي از بيماري هاي ويروسي است که توسط مرکز کنترل بيماري ها مورد هدف است. کمک به تشخيص عفونت هاي ويروسي روبلا بخصوص تشخيص عفونت مادرزادي روبلا.
    •  نام آزمایش:   Parvovirus B19
     
    • تشریح آزمایش:
    • پارو ویروس B19 از خانواده پارو ویریده و تنها عضو جنس اریترو ویروس می باشد. این ویروس بسیار کوچک، بیست وجهی و فاقد پوشش لیپیدی است. DNAی ویروس تک رشته ای است. به علت توانایی کم کد کردن ژن ها و نیاز این ویروس ها به فاکتورها و عوامل دخیل در سنتز DNA ، تکثیر آنها به کارکردهای تکثیری سلول های میزبان یا عفونت های کمک کننده همراه بستگی دارد. از اینرو ویروس، ترجیحاً در سلول های فعال در حال  تقسیم تکثیر می یابد و تمایل زیادی به تکثیر در پیش سازهای سلول های قرمز خون در مغز استخوان دارد.
    • ویروس B19 را می توان در خون و ترشحات تنفسی بیماران یافت. انتقال ویروس در بیشتر موارد از طریق مسیر تنفسی است ولیکن خون و فراورده های خونی نیز می توانند سبب انتقال آن شوند. همچنین، عفونت ویروسی می تواند از مادر آلوده به جنین نیز منتقل شود. نتایج تحقیقات نشان داده اند که افراد مبتلا به بیماریهای بد خیم، بیماری های سرکوب کننده ایمنی و کم خونی های همولیتیک به عنوان گروه های پر خطر برای ویروس هستند و ارتباط این بیماری ها با عفونت B19 در آنها تأیید شده است.
    • 30 تا 50 درصد زنان در طول دوران بارداری شواهدی از عفونت با این ویروس را نشان می دهند. عفونت ویروسی در کودکان بیشتر سبب ایجاد اریتما اینفکتیوزوم یا بیماری پنجم می شود ولیکن در بالغین اغلب بدون علامت است. حدود 6 تا 8 روز پس از تماس با ویروس، ویرمی رخ می دهد و 4 تا 7 روز ادامه می یابد و حدود 16 روز پس از تماس با ویروس یعنی 8 روز بعد از ویرمی، راش های پوستی بروز می کنند.
     
    • کاربردهای بالینی: تشخیص به موقع عفونت ویروسی جهت انجام اقدامات درمانی مناسب.
    • مقادیر طبیعی: DNA ی ویروس را نمی توان در نمونه های حاصل از افراد سالم ردیابی نمود حتی اگر این افراد قبلاً در معرض عفونت قرار گرفته باشند.
     
    • تفسیر:
    • ابتلای مادر باردار به عفونت های ویروسی بر حسب زمان و سن جنین می تواند عوارض پیچیده و برگشت ناپذیری بر سلامتی جنین داشته باشد. لذا تشخیص سریع عفونت مادر و جنین کمک بزرگی به پیشگیری از عوارض می نماید. 30 تا 50 درصد زنان در طول دوره بارداری شواهدی از عفونت با پاروویروس B19 را نشان می دهند و در صورت عفونت جنین با این ویروس، ممکن است منجر به هیدروپس فتالیس و مرگ جنین شود که حالت هیدروپس مربوط به ایجاد آنمی در جنین می باشد و توسط ویروس ایجاد می شود.
    • ویروس B19 در آزمایشگاه قابل کشت نیست و تست های تشخیصی بر اساس روش های سرولوژیکی، Dot-blot hybridization و PCR می باشد. روش سرولوژی بیشتر بر اساس تعیین آنتی بادی های اختصاصی ضد ویروس از نوع IgG و IgM می باشد. مبتلایان به اریتم عفونی و آرتریت حاد ناشی از B19، معمولا آنتی بادی اختصاصی از نوع IgM را در خون خود دارند، در حالی که وجود آنتی بادی اختصاصی از نوع IgG نشانگر عفونت قدیمی با ویروس می باشد. DNAی ویروس را می توان به وسیله PCR و یا از طریق Dot-blot hybridization از سرم مادر، خون جنین و یا مایع آمنیوتیک به دست آورد. روش PCR حساسیت بیشتری داشته و بر سایر روش ها ارجحیت دارد. مایع آمنیوتیک نیز نسبت به خون جنین برای تشخیص با روش PCR از حساسیت بالاتری برخوردار است.
     
    • توضیحات
      • نتیجه «Undetected» نشان می دهد که DNAی ویروس در نمونه یافت نشده است.
      • تشخیص عفونت با حضور مقادیر قابل تشخیص DNA ی ویروس در نمونه مورد آزمایش امکان پذیر است.
      • در صورت عدم ردیابی DNA ی ویروس در نمونه بیمار، احتمال آلودگی به عفونت رد نمی گردد.
     
    • سایر نام ها: Parvovirus B19 PCR, B19 Real-Time Polymerase Chain Reaction PCR
    • نوع نمونه: پلاسما (بر اساس منبع آلودگی مایع آمنیوتی، مایع نخاع (CSF)، مایع مفصلی (سینوویال) و یا مغز استخوان نیز می تواند مورد استفاده قرار گیرد.)
     
    • شرایط نمونه گیری:
      • نیاز به ناشتایی نمی باشد.
      • نمونه گیری باید در شرایط استریل انجام شود.
    •  نام آزمایش: Neisseria PCR
    • نوع نمونه: VSUSe
    • حجم نمونه: Se=1mlVS=5ml
    • توضیحات: 
    • سوزاک یا گنوره یکی از شایع ترین بیماری های آمیزشی در سراسر دنیا می باشد که هم زنان و هم مردان به آن مبتلا می شوند. سوزاک در دنیا در بین شایعترین عفونت های آمیزشی قرار دارد.سوزاک به راحتی قابل درمان است اما در صورت عدم درمان به موقع و مناسب می تواند عوارض وخیمی از جمله عفونت های لگن، ناباروری، مننژیت و حتی عفونت گسترده وکشنده خون (سپتی سمی) را در افراد مبتلا ایجاد کند.عامل بیماریعامل بیماری سوزاک، باکتری ای به نام نایسریا گنوره (Neisseria gonorrhoeae) است. این باکتری از دسته کوکسی های گرم منفی می باشد که اخیراً در مقابل بسیاری از آنتی بیوتیک ها از خود مقاومت نشان داده است. این باکتری تنها در انسان می تواند باعث آلودگی و ایجاد بیماری شود. نحوه انتقال عامل بیماریاین بیماری از طریق برقراری انواع رابطه جنسی شامل موارد زیر منتقل می شود:رابطه جنسی واژینالرابطه جنسی مقعدیرابطه جنسی دهانیآلوده شدن انگشتان دست با ترشحات واژن، منی و آب دهان فرد مبتلا و سپس تماس دست آلوده به اندام جنسی یا چشمان فرد سالم باعث انتقال عفونت می شود. انتقال از مادر هنگام زایمان: در شرایطی که مادر در حین زایمان دچار بیماری سوزاک باشد، چشمان نوزاد با ترشحات تناسلی مادر مبتلا آلوده شده و منجر به عفونت چشم در نوزاد می گردد که این عفونت در صورت عدم تشخیص ودرمان به موقع، می تواند منجر به کوری شود. علائم بیماری در بیشتر مواقع فرد آلوده ۲ تا ۱۴ روز پس از ابتلا، علامت دار می شود هر چند که در مواردی ممکن است هیچ علامتی درفرد بروز نکند. به عبارت دیگر، برخی از افراد مبتلا ممکن است بدون اینکه هیچ علامتی داشته باشند، آلوده بوده و شرکای جنسی خود را آلوده کنند. فرم علامت دار بیماری در مردان بیشتر از زنان است. تقریبا نیمی از زنان آلوده به این عفونت علائمی از بیماری نشان نمی دهند.
    •  ۱- نشانه های اصلی ابتلا در مردان: ترشحات زرد رنگ یا سفید رنگ از نوک آلت تناسلی، احساس درد یا سوزش در زمان ادرار کردن، تکرر ادرار
    • ۲- نشانه های اصلی ابتلا در زنان: هرگونه تغییر در ترشحات طبیعی واژن (به عنوان مثال ممکن است میزان ترشحات زیاد شود و یا رنگ آن تغییر کرده و به رنگ سبز یا زرد درآمده و یا بوی آن تغییر کند) .احساس درد یا سوزش در زمان ادرار ، تکرر ادرار، ترشحات غیر عادی یا خونریزی بعد از تماس جنسی در بعضی از زنان عوارض بیماری۱- عوارض سوزاک در زناندر صورت عدم درمان، سوزاک می تواند باعث ایجاد بیماری التهابی لگن شود. این بیماری شامل التهاب لوله های رحمی است. این بیماری در آینده می تواند خطر نازایی، حاملگی خارج رحمی یا تولد نوزاد نارس را افزایش دهد. ۲- عوارض سوزاک در مردانسوزاک در مردان نیز می تواند منجر به التهاب دردناک بیضه ها، پروستات و اپیدیدیم و در نتیجه ناباروری گردد.۳- افزایش شانس آلودگی به اچ آی ویابتلا به سوزاک، احتمال آلودگی به ویروس اچ آی وی که عامل بیماری ایدز می باشد را نیز افزایش می دهد. به عبارت دیگر افراد مبتلا به سوزاک نسبت به افراد سالم، از نظر آلودگی به اچ آی وی مستعد ترند.۴- سایر عوارض عفونت پوست، مفاصل و تب از دیگر عوارض این بیماری به شمار می روند. نیسریا گونوره آ با روش مولکولی Real Time PCR با حساسیت و اختصاصیت بالا میتوان تشخیص داد.
    • نام آزمایش: Mycobacterium tuberculosis Complex, Molecular Detection, PCR
    • نام اختصاری:  M.tuberculosis Complex PCR
     
    • سایر نام ها: 
    • Acid-Fast Bacilli (AFB) PCR, Bacillus: Acid-Fast PCR, MTB (Mycobacterium tuberculosis) PCR, TB (Tuberculosis) PCR, Tubercle Bacilli:
    • Mycobacterium tuberculosis PCR
     
    • نوع نمونه قابل اندازه گیری
    • مایعات بدن نظیر مایع مغزی نخاعی (CSF)، مایع مفصلی، مایع معده و مایع صفاقی، نمونه های تنفسی شامل خلط، ترشحات برونش ها و BAL (bronchoalveolar lavage fluid) ، مدفوع، بافت که می تواند به صورت تازه یا پارافین شده باشد، استخوان، مغز استخوان و یا ادرار.
     
    • حجم نمونه مورد نیاز
      • مایعات بدن نظیر مایع آسپیره شده از مغز استخوان، مایع نخاعی (CSF) و غیره1 ml ،
      • مایع حاصل از شستشوی معده ml10،
      • نمونه های تنفسی شامل خلط، ترشحات برونش ها و BAL، 3 ml ،
      • مدفوع 10 – 5 gr ، ادرار2 ml
      • بافت شامل بافت تازه، پارافینی، استخوان و بیوپسی استخوان 10 – 5 mm
     
    • شرایط نمونه گیری
      • نیاز به ناشتایی نمی باشد.
      • نمونه گیری باید در شرایط استریل انجام شود.
      • برای تهیه نمونه از خلط، ابتدا باید بیمار دهانخود را با آب شستشو داده و سرفه‏های عمیق انجام دهد. خلط صبحگاهی یا خلطی که با تحریک سرم نمکی فیزیولوژیک و از طریق بخور تهیه می‏گردد برای آزمایش مناسب‏تر است. از آسپیرة معده، برونشیال یا نای نیز می‏توان به عنوان نمونه استفاده نمود.
     
    • کاربردهای بالینی:  تشخیص زود هنگام و به موقع مبتلایان  به عفونت سل، جهت انجام اقدامات درمانی مناسب و مدیریت بیماری و جلوگیری از عوارض ناشی از آن.
     
    • اطلاعات تکمیلی
    • سل یکی از مهم ترین بیماری های عفونی در سراسر جهان است که در اثر آلودگی با باکتریهای گروه مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ایجاد می شود. حدود 2 میلیارد نفر یعنی تقریباً یک سوم جمعیت جهان به این باکتری آلوده اند. هر ساله نزدیک به 9 میلیون نفر به سل مبتلا می شوند و در حدود 2 میلیون نفر در نتیجه ابتلاء به این بیماری می میرند.
    • مایکوباکتریوم ها، باکتری های میله ای شکل هوازی هستند و اسپور تشکیل نمی دهند. اگرچه این باکتریها به سهولت رنگ آمیزی نمی شوند، اما بعد از رنگ آمیزی، حذف رنگ توسط اسید یا الکل مشکل است از این رو، آنها را باسیل های اسیدفست (مقاوم در برابر اسید) می نامند. مایکوباکتریوم ها هوازی اجباری بوده و انرژی مورد نیاز خود را از اکسیداسیون مواد کربن دار ساده به دست می آورند. زمان رشد این باکتری ها بسیار آهسته تر از سایر باکتریها است.
    • مایکوباکتریوم توبرکلوزیس می تواند از طریق تنفسی از فرد آلوده به فرد سالم منتقل شود و اگر افراد آلوده به موقع شناسایی نشده و تحت درمان ضد باکتریایی صحیح قرار نگیرند، باکتری پتانسیل بالایی جهت مقاوم شدن به آنتی بیوتیک ها دارد. لذا تشخیص سریع و دقیق سل در بیماران از اهمیت بالایی برخوردار است.
     
    • روش مرجع:  کشت باکتری
    • روش ارجح: ردیابی ژنوم باکتری به وسیله واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از تکنیک Real Time PCR
    • سایر روشها:  رادیوگرافی ریه، اسمیر و کشت خلط، تست توبرکولین، تست های سرولوژیکی و روشهای مولکولی.
    • مقادیر طبیعی:  DNA باکتری توبرکلوز در نمونه های حاصل از افراد سالم قابل ردیابی نیست.
     
    • محدوده قابل سنجش
    • حساسیت تشخیص تست، یک کپی در میکرولیتر می باشد یعنی در 95 درصد مواردی که تیتر مایکوباکتریوم در نمونه مورد آزمایش بیشتر از این میزان باشد، تشخیص داده خواهد شد.
     
    • تفسیر
    • هم چنان که پیشتر ذکر شد، سل یکی از بیماری های عفونی بالقوه کشنده است و شیوع آن در سراسر جهان، خطر جدی برای زندگی بشر محسوب می شود. در تشخیص عفونت سل عوامل متعددی نظیر اپیدمیولوژی بیماری در منطقه، تاریخچه بیمار، علائم بالینی، رادیوگرافی ریه، اسمیر و کشت خلط، تست های پوستی، آزمایشات بیوشیمیایی و روشهای مولکولی نظیر PCR اهمیت دارند ولیکن سرعت و دقت در تشخیص بیماری یکی از مسائل جدی محسوب می شود. روش رنگ آمیزی مستقیم از دقت و حساسیت پایینی برخوردار است و کشت خلط بسیار زمان بر است. بنابراین استفاده از روشی آسان و حساس، به عنوان مکمل و در جهت تأیید تشخیص بالینی لازم و ضروری است. از این رو روش Real time PCR، به عنوان روشی مؤثر و سریع جهت تشخیص به موقع و انجام اقدامات درمانی مناسب مورد توجه می باشد.
    • ردیابی پاتوژن به وسیله Real time PCR، بر اساس تکثیر نواحی اختصاصی از ژنوم باکتری صورت می گیرد. در این روش محصول تکثیر یافته از طریق رنگ های فلوئورسنت ردیابی می شود که این امر عموماً  به واسطه پروب های الیگونوکلئوتیدی که به طور اختصاصی به محصول تکثیر یافته متصل می شوند، صورت می گیرد. مشاهده مستقیم شدت فلوئورسانس در طول PCR (یعنی real time)، به ما اجازه می دهد تا بدون نیاز به باز کردن مجدد تیوب ها بعد از اتمام PCR، محصول جمع شده را ردیابی نموده و کمیت آن را نیز تعیین نمائیم.
     
    • عوامل مداخله گر
      • هپارین در مقادیر بالا در این آزمایش تداخل ایجاد می کند.
      • نمونه گیری در شرایط غیر استریل می تواند منجر به ایجاد نتایج مثبت کاذب گردد.
      • فضاهای مربوط به استخراج DNA، آماده سازی مواد مورد نیاز واکنش و فضای افزودن نمونه DNA به لوله PCR، برای جلوگیری از ایجاد نتایج مثبت کاذب باید از هم جدا باشند.
     
    • توضیحات
      • نتیجه «Undetected» نشان می دهد که DNA باکتری در نمونه یافت نشده است.
      • نتایج کمی بیان شده به واحد copy/ml نشان دهنده میزان فعالیت باکتری و تکثیر آن در بیمار است.
      • نتایج کمی بر پیشرفت بیماری و یا پاسخ به درمان ضد باکتریایی نظارت می کند.
      • تشخیص عفونت با حضور مقادیر قابل تشخیص و سنجش DNA ی باکتری در نمونه مورد آزمایش امکان پذیر است.
      • در صورت عدم ردیابی DNA پاتوژن در نمونه بیمار، احتمال آلودگی به عفونت باکتریایی رد نمی گردد چرا که فاکتورهایی همچون تجزیه اسیدنوکلئیک یا تداخل بعضی از مواد با آمپلیفیکاسیون ممکن است وجود داشته ‌باشد.
    •  نام اختصاری آزمایش: Mycoplasma PCR
    • نام روش اندازه گیری: PCR
    • نوع نمونه: نمونه هاي تنفسي ( بال، لاواژ) ، سواب هاي حلقي، دهاني، CSF و پلور
    • حجم نمونه: ml٢
    • کمترین حجم نمونه: ml١
    •  نام اختصاری آزمایش: Measl-PCR
    • نام روش اندازه گیری:  PCR
    • نوع نمونه: سواب دهان، ناز و فارنکس، ترشحات مخاطي- حلقي، خون بند ناف  EDTA، پلاسماي EDTA ، بزاق ، CSF، مايع آمنيوتيک.
    • حجم نمونه: ٢ ميلي
    • کمترین حجم نمونه:١ ميلي
    • تفسیر بالینی: سرخک يک بيماري حاد ويروسي است که سبب عفونت منتشر با درگيري دستگاه تنفسي و بافت هاي لنفورتيکولر مي شود. تشخيص عفونت با سرخک در يک فرد واکسينه نشده ، بررسي ايمني به دنبال واکسيناسيون
    •  نام آزمایش: Herpes Simplex Virus (HSV) Detection by Real-Time PCR
    • نام اختصاری: HSV PCR
     
    • سایر نام ها:
      •  تشخیص HSV به روش Real-Time PCR
      • (HSV DNA Detection, Herpes Simplex Virus Detection by Real-Time PCR, Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR
     
    • نوع نمونه قابل اندازه گیری
    • نمونه مورد نیاز می تواند یکی از موارد ذیل باشد:
    • سرم یا پلاسما، ادرار، مایعات بدن نظیر نخاعی (CSF)، آمنیوتی و چشمی، نمونه تناسلی نظیر نمونه تهیه شده از سرویکس، واژن و یا سایر بخش های تناسلی، نمونه های تنفسی نظیر ترشحات برونش، نازوفارنکس و نایی، BAL و بزاق، بافت های مختلف نظیر مغز، کولون، کلیه، کبد، ریه و غیره و یا سایر نقاط بدن که درگیر عفونت ویروسی شده اند، نظیر پوست، بینی، گلو و غیره.
     
    • حجم نمونه مورد نیاز:
      •      5 ml ترشحات ریوی، ادرار و خون،
      •      1ml سرم، پلاسما و مایعات بدن،
      •     نمونه های تناسلی و نمونه های حاصل از زخم یک سواب.
     
    • شرایط نمونه گیری
      • نیاز به ناشتایی نمی باشد.
      • نمونه گیری باید در شرایط استریل انجام شود.
     
    • کاربردهای بالینی
    • تشخیص زود هنگام عفونت ویروسی و اقدام برای درمان به موقع بیماری، بدون آن که نیاز به بیوپسی مغز باشد (در صورت بروز آنسفالیت ویروسی، تشخیص سریع عفونت ویروسی، برای مدیریت بیماری و شروع به موقع درمان و کاهش تلفات الزامی است).
     
    • اطلاعات تکمیلی
    • ویروس های هرپس سیمپلکس از خانواده هرپس ویروس ها می باشند که به فراوانی در جوامع انسانی پراکنده اند. این ویروس ها، میزبان های زیادی داشته و قادرند در انواع مختلفی از سلول ها تکثیر یافته و حیوانات مختلفی را آلوده نمایند. تمام هرپس ویروس ها دارای یک هسته مرکزی از زنجیره مضاعف DNA مارپیچی هستند که با یک کپسید پروتئینی با تقارن بیست وجهی احاطه شده اند.
    • ویروس هرپس سیمپلکس عامل عفونت های بسیار متنوعی است که معمولاً در بزرگسالان فاقد علائم بالینی واضح می باشند. پس از عفونت اولیه، ویروس به صورت عفونت مخفی تا پایان عمر در عقده های عصبی حسی و خود مختار باقی می ماند. عوامل متعددی از جمله استرس می توانند سبب فعال شدن ویروس شوند. در پی فعال شدن ویروس امکان انتقال آن از طریق آکسون ها به سیستم عصبی مرکزی و ایجاد عفونت در آنجا نیز وجود دارد. این پدیده سبب می شود که ویروس هرپس سیمپلکس به عنوان مهم ترین عامل انسفالیت ویروسی شناخته شود. 33 درصد بزرگسالانی که مبتلا به انسفالیت هرپسی می‌شوند عفونت اولیه دارند. نوزادانی که در حین عبور از کانال تولد آلوده می‌شوند ممکن است درگیری پوست، چشم و غشاهای مخاطی را داشته باشند که منجر به انتشار گسترده و انسفالیت می‌شود.
    • دو تیپ متفاوت 1 و 2 از ویروس هرپس سیمپلکس وجود دارد. هر کدام از این دو ویروس چندین پروتئین خاص دارند با این حال، در تست های سرولوژی با هم واکنش متقاطع می دهند که این امر تشخیص آنها از یکدیگر را دشوار می سازد. تشکیلات ژنوم دو تیپ ویروسی به هم شبیهند و توالی مشابهی در DNA دارند ولیکن، با استفاده از تکنیک های تشخیص مولکولی می توان آنها را از هم تشخیص داد. همچنین کشت HSV معمولاً در انسفالیت هرپسی منفی است، و این در حالی است که، روشPCR  حساسیت بالایی نسبت به کشت داشته و می توان از آن به عنوان روش تشخیصی غیرتهاجمی استفاده نمود. بیوپسی مغز همراه با کشت و هیستوپاتولوژی در تشخیص انسفالیت هرپسی جهت رد کردن سندرم‌های بالینی مشابه انسفالیت هرپسی مفید می‌باشد ولیکن، مطالعات متعدد توانایی PCR جهت ردیابی و شناسایی DNA ویروس هرپس سیمپلکس را در مواقعی که نتایج کشت منفی هستند اثبات کرده‌اند.
     
    • مقادیر طبیعی:  DNA ویروس HSV در نمونه های حاصل از افراد سالم قابل ردیابی نیست.
    • محدوده قابل سنجش:  250 – 2500000 HSV DNA copies/mL
     
    • تفسیر:
    • هم چنان که پیشتر ذکر شد، روش های مبتنی بر کشت HSV و روش های سرولوژیکی جهت تشخیص عفونت ویروسی در بیماران چندان کارامد نبوده و این مسأله می تواند در مبتلایان به انسفالیت ویروسی عواقب جدی به همراه داشته باشد. لذا روشهای مبتنی بر PCR، به عنوان بهترین روش جهت تشخیص به موقع و انجام اقدامات درمانی مناسب شناخته شده است.
    • ردیابی پاتوژن به وسیله PCR بر اساس تکثیر نواحی اختصاصی از ژنوم ویروس صورت می گیرد. در حال حاضر روش Real time PCR در مقایسه با سایر روش های ارزیابی میزان ویروس دارای بیشترین حساسیت و وسیع ترین دامنه اندازه گیری است. در این روش محصول تکثیر یافته از طریق رنگ های فلوئورسنت ردیابی می شود که این امر عموماً  به واسطه پروب های الیگونوکلئوتیدی که به طور اختصاصی به محصول تکثیر یافته متصل می شوند، صورت می گیرد. مشاهده مستقیم شدت فلوئورسانس در طول PCR (یعنی real time)، به ما اجازه می دهد تا بدون نیاز به باز کردن مجدد تیوب ها بعد از اتمام PCR، محصول جمع شده را ردیابی نموده و کمیت آن را نیز تعیین نمائیم.
     
    • عوامل مداخله گر
      • هپارین در مقادیر بالا در این آزمایش تداخل ایجاد می کند.
      • نمونه گیری و جداسازی پلاسما یا سرم در شرایط غیر استریل می تواند منجر به ایجاد نتایج مثبت کاذب گردد.
      • فضاهای مربوط به استخراج DNA، آماده سازی مواد مورد نیاز واکنش و فضای افزودن نمونه DNA به لوله PCR، برای جلوگیری از ایجاد نتایج مثبت کاذب باید از هم جدا باشند.
     
    • توضیحات
      • نتیجه «Undetected» نشان می دهد که DNA ویروس در نمونه یافت نشده است.
      • نتایج کمی بیان شده به واحد copy/ml نشان دهنده میزان فعالیت ویروس و تکثیر آن در بیمار است.
      • نتایج کمی بر پیشرفت بیماری در عفونت HSV و یا پاسخ به درمان ضد ویروسی نظارت می کند.
      • تشخیص عفونت با حضور مقادیر قابل تشخیص و سنجش DNA ویروس در نمونه مورد آزمایش امکان پذیر است.
      • در صورت عدم ردیابی DNA ویروس در نمونه بیمار، احتمال آلودگی به ویروس رد نمی گردد چرا که فاکتورهایی همچون تجزیه اسیدنوکلئیک یا تداخل بعضی از مواد با آمپلیفیکاسیون ممکن است وجود داشته ‌باشد.
    •  نام آزمایش: Human Papilloma Virus (HPV) Genotyping, High-Risk Types by PCR
    • نام اختصاری:  HPV PCR
    • سایر نام ها: HPV DNA Detection, High Risk HPV, HPV (Human Papillomavirus) PCR, Human Papillomavirus (HPV) Genotyping.
     
    • نوع نمونه قابل اندازه گیری
    • نمونه تناسلی نظیر نمونه تهیه شده از بخش های خارجی یا داخلی سرویکس، واژن و یا سایر بخش های تناسلی، و نیز سایر نقاط بدن نظیر پوست، گلو و غیره که درگیر عفونت ویروسی شده اند.
    • مردان بعنوان مخزن (reservoirs) و یا حامل (vector) عفونت HPV نقش بازی می کنند، بنابراین غربالگری مردان می تواند نقش مهمی در پیشگیری از ابتلای زنان به کانسر سرویکس داشته باشد.
    • در صورت عدم وجود یک ضایعه کلینیکی ، مهمترین استراتژی قابل اعتماد برای تشخیص ناقل بودن مردان انجام HPV DNA testing می باشد. نرخ شیوع عفونت HPV در مردان از 1 تا 82.9% در جوامع مختلف گزارش شده است، که این تفاوت بستگی به متد آزمایش و منابع بالینی مورد استفاده برای انجام تست دارد .
    • هرچه تعداد شرکای جنسی یک مرد بیشتر باشد، تعداد کپی های ویروس در بدن آن فرد بیشتر بوده و در نتیجه زمان پاکسازی ویروس هم در این مردان طولانی تر خواهد بود .
    • HPV حداقل در 72% مردانی که شریک جنسی شان HPV مثبت است، وجود دارد. اما فقط در 8.3% از این مردان زگیل تناسلی مشاهده می شود، به عبارتی اکثر آنها یک عفونت تحت بالینی (subclinical infection) دارند.
     
    • مناطق نمونه برداری HPV در مردان
      • 1-  سطح آلت تناسلی (penile surface)
      • 2-  حفره حشفی یا حفره پوستی نزدیک به سر آلت  (the glans / coronal sulcus=Preputial cavity)
      • 3-  ختنه گاه (Glans)  و یا همان پوست ختنه گاه (prepuce)
      • 4-  کیسه بیضه (Scrotum)
      • 5-  ترشحات مجرا (Urethra)
      • 6-  مایع منی
      • 7-  ادرار
      • 8-  پوست دور مقعد
      • 9-  کانال مقعد
     
    • مناطق حساس برای نمونه برداری HPV در مردان
      • سطح آلت تناسلی
      • ترشحات مجرا
      • مایع منی
    • بیمار در روز انجام آزمایش نباید آلت تناسلی خود را بشوید و تا دو روز قبل از انجام آزمایش نیز نباید تماس جنسی داشته باشد.
     
    • حجم نمونه مورد نیاز:  نمونه های تناسلی و نمونه های حاصل از زخم، یک سواب.
     
    • شرایط نمونه گیری
      • نیاز به ناشتایی نمی باشد.
      • نمونه گیری باید در شرایط استریل انجام شود.
     
    • کاربردهای بالینی: ردیابی و تشخیص به موقع آلودگی با ژنوتایپ های پر خطر ویروس پاپیلوم انسانی (HPV) ، که در ایجاد سرطان گردن رحم  دخالت دارند.
     
    • اطلاعات تکمیلی:
    • سرطان دهانه رحم یا سرویکس دومین سرطان شایع در زنان می باشد که در مراحل اولیه معمولا بدون علائم است و تنها در مراحل پیشرفته همراه با درد می باشد. تقریبا منشاء تمام انواع سرطان های سرویکس، ویروس پاپیلومای انسانی (HPV)
    • می باشد که جزء بیماری های مقاربتی محسوب می شود و می تواند موجب تغییر شکل سلول ها و تبدیل آنها به سلول های سرطانی شود. حتی 25 درصد از سرطان های دهان نیز به واسطه عفونت با ویروس پاپیلومای انسانی ایجاد می شود. HPV، ویروسی کوچک، بدون پوشش و دارای DNAی دو رشته ای با ژنومی نزدیک به 8000 نوکلئوتید است. ویروس های پاپیلوما تمایل بسیار زیادی به سلول های پوششی پوست و سلول های مخاطی دارند. اسید نوکلئیک ویروس سلول های
    • پایه ای را آلوده می سازد ولی بیان ژن های رمز کننده پروتئین های کپسید به بالاترین لایه سلول های شاخی پوست محدود می شود. مراحل چرخه تکثیر ویروس، احتمالاً به عوامل اختصاصی مربوط به مراحل مختلف تمایز سلول های اپیتلیال بستگی دارد. لذا این وابستگی شدید تکثیر ویروس به سلول میزبان تمایز یافته، موجب شده که تکثیر ویروس های پاپیلوم در آزمایشگاه با مشکلات زیادی همراه باشد. بیش از 118 تیپ مختلف از ویروس HPV شناسایی شده است که به سه گروه ریسک زیاد (پر خطر)، ریسک کم (کم خطر) و ریسک طبقه بندی نشده تقسیم می شوند. مطالعات اپیدمیولوژیک و مولکولی نشان داده اند که درحدود 40 نوع از تیپ های مختلف ویروس HPV قادر به ایجاد عفونت در لایه مخاطی سیستم تناسلی انسان می باشند که از میان تیپ های آلوده کننده، 14 تیپ آن شامل تیپ های 16، 18، 31، 33، 35، 39، 45، 51، 52، 56، 58، 59، 66 و 68 به عنوان تیپ های پر خطر جهت ایجاد سرطان دهانه رحم شناخته شده اند. به علاوه از میان ژنوتایپ های فوق الذکر، انواع 16 و 18 بیشترین اهمیت را در ایجاد سرطان سرویکس دارند و در این بین، HPV نوع 16 مؤثرتر بوده و تقریبا 60 درصد سرطان های سرویکس به تیپ 16 آلوده اند در حالی که تنها حدود 15 – 10 درصد سرطان های سرویکس به تیپ 18 آلوده اند. انواع کم خطر می توانند سبب ایجاد زگیل در اندام تناسلی و یا اطراف آن در زن و مرد شوند. تیپ های 6 و11 عامل ایجاد حدود 90 درصد زگیل های تناسلی می باشند. نقش انواع طبقه بندی نشده از لحاظ میزان ارتباط با سرطان دهانه رحم هنوز مشخص نیست اما از لحاظ آماری ریسک آنها حداقل می باشد. لذا تشخیص به موقع تیپ های پر خطر ویروس و انجام اقدامات سریع درمانی می تواند از پیشرفت ضایعات ایجاد شده در جهت سرطانی شدن سلول ها جلوگیری نماید.
     
    • مقادیر طبیعی
    • DNA ویروس HPV در نمونه های حاصل از افراد سالم قابل ردیابی نیست.
     
    • نکته: تعیین ژنوتایپ ویروس به روش Conventional PCR انجام می شود بنابراین، میزان DNAی ویروس در نمونه مورد آزمایش باید به اندازه ای باشد که پس از تکثیر توسط واکنش PCR به روش کیفی، قابل ردیابی توسط الکتروفورز روی ژل آگارز باشد.
     
    • تفسیر
    • همچنان که پیشتر ذکر شد، وابستگی شدید تکثیر ویروس پاپیلوما به سلول میزبان تمایز یافته، موجب شده که تکثیر ویروس در آزمایشگاه و تشخیص عفونت از طریق روش های کشت ویروس دشوار باشد. متاسفانه با کمک روش سیتولوژیکی پاپ اسمیر نیز در مراحل اولیه درگیری فرد با ویروس، امکان تشخیص ویروس وجود ندارد. لذا به علت پایین بودن حساسیت آزمایش پاپ اسمیر، تعیین ژنوتایپ آلوده کننده ویروس به وسیله PCR به عنوان ابزاری مناسب برای غربال گری سرطان و یا پیگیری نتایج غیر طبیعی پاپ اسمیر رواج یافته است. بررسی ها نشان داده اند که روش PCR حساس تر از روش سیتولوژی است ولیکن از نظر اختصاصیت پایین تر است. لذا طبق توصیه های انجمن زنان و مامایی و انجمن سرطان زنان آمریکا، آزمایش HPV PCR به همراه آزمایش سیتولوژی سرویکس می تواند به عنوان روش غربالگری به کار رود.
    • در روش PCR که به صورت کیفی انجام می شود، با استفاده از پرایمر های اختصاصی برای ژنوتایپ های مختلف ویروس پاپیلوما، ابتدا مرحله تکثیر ژنوم ویروس توسط دستگاه ترموسایکلر صورت گرفته و در ادامه محصول PCR به وسیله الکتروفورز روی ژل آگارز و مشاهده قطعه مورد نظر توسط دستگاه Gel Doc قابل ردیابی است.
     
    • عوامل مداخله گر
      • نمونه گیری در شرایط غیر استریل می تواند منجر به ایجاد نتایج مثبت کاذب گردد.
      • فضاهای مربوط به استخراج DNA، آماده سازی مواد مورد نیاز واکنش و فضای افزودن نمونه DNA به لوله PCR، برای جلوگیری از ایجاد نتایج مثبت کاذب باید از هم جدا باشند.
     
    • توضیحات
      • نتیجه «Undetected» نشان می دهد که DNA ویروس در نمونه یافت نشده است.
      • مشاهده قطعه DNAی مربوط به هر یک از ژنوتایپ های مورد بررسی روی ژل الکتروفورز بیانگر فعالیت ویروس و تکثیر آن در بیمار است.
      • تشخیص عفونت با حضور مقادیر قابل تشخیص و سنجش DNA ویروس در نمونه مورد آزمایش امکان پذیر است.
      • در صورت عدم ردیابی DNA ویروس در نمونه بیمار، احتمال آلودگی به ویروس رد نمی گردد چرا که فاکتورهایی همچون تجزیه اسید نوکلئیک یا تداخل بعضی از مواد با آمپلیفیکاسیون ممکن است وجود داشته ‌باشد.